Magont utan känd orsak är vanligen av funktionell natur och övergående. Behandlingsnyttan med protonpumpshämmare (PPI) är därför begränsad, med ett NNT (number needed to treat) på ungefär 15 vid meta-analys av de studier som är gjorda på funktionell dyspepsi. Den begränsade nyttan betingas troligen av en varierande andel patienter med reflux-symtom i studierna och vid reflux är PPI-behandling av visat stort värde.
Magont utan känd orsak kan givetvis vara uttryck för en ulcussjukdom med en klar indikation för PPI-behandling. Dock finns inget skäl att misstänka annan orsak än funktionell dyspepsi till dess att motsatsen, till exempel ulcussjukdom eller tumör, är bevisad genom en utförd gastroskopi.
Alla patienter med magont utan känd orsak kan inte gastroskoperas, men indikationen för det ökar vid så kallade alarmsymtom och vid ålder över 50 år. Däremot kan patienter med magont utan känd orsak vara föremål för aktiv expektans utan att erhålla läkemedelsförskrivning av begränsat värde.